Karty v Magic: The Gathering se dělí do pěti barev: bílá, černá, červená, modrá a zelená. Každá barva představuje jinou sféru magie, je zaměřená na trochu jiný styl hry a má své silné a slabé stránky. Za každé kouzlo je třeba zaplatit manou jeho barvy, kterou produkují karty nazývané základní země: pláně, bažiny, hory, ostrovy a lesy. Každá z těchto zemí může vyrobit jednu manu za kolo. Každá barva má dvě nepřátelské barvy.
- Bílá: Barva řádu, spravedlnosti, víry, naděje a léčení. Bílé bytosti jsou převážně různí rytíři, vojáci, paladinové, léčitelé, klerici a andělé. Bílá kouzla jsou většinou zaměřena na ochranu vlastních bytostí nebo přidávání životů. Bílou manu vyrábějí pláně, nepřátelé bílé jsou černá a červená.
- Černá: Barva smrti, rozkladu, hniloby, záhuby a záhrobí. Černé bytosti představují zombie, krysy, upíři, přízraky, démoni a podobně. Černá kouzla nejčastěji zabíjejí soupeřovy bytosti, vyhazují mu karty z ruky nebo oživují vlastní zabité bytosti. Černou manu vyrábějí bažiny, nepřátelé černé jsou bílá a zelená.
- Červená: Barva ohně, kamene, násilí, války, zabíjení a krve. Červené bytosti jsou například goblini, orkové, trpaslíci, obři nebo různé ohnivé obludy. Červená kouzla bývají zaměřena na zraňování soupeře nebo jeho bytostí. Červenou manu vyrábějí hory, nepřátelé červené jsou bílá a modrá.
- Modrá: Barva vody, vzduchu a mentální magie. Mezi modrými bytostmi najdeme různé vodní tvory, přízračné a létající obludy nebo čaroděje. Modrá kouzla umějí rušit soupeřova kouzla nebo mu vracet vyložené karty na ruku. Modrou manu vyrábějí ostrovy, nepřátelé modré jsou zelená a červená.
- Zelená: Barva přírody, života, růstu a bujení. Zelené bytosti jsou elfové, druidi, dryády, kanci a další lesní tvorové. Zelená kouzla jsou nejčastěji zaměřena na posilování nestvůr a na přidávání many. Zelenou manu vyrábějí lesy, nepřátelé zelené jsou černá a modrá.
Každé kouzlo vyžaduje zaplacení několika man ve své barvě a několika dalších man libovolné barvy nebo bezbarvých. Existují i vícebarevná kouzla, za něž je třeba zaplatit manami více různých barev, naproti tomu artefakty jsou vždy bezbarvé a platí se za ně manou libovolné barvy nebo bezbarvou. V některých edicích se vyskytovala i kouzla, za která bylo třeba zaplatit manou jedné ze dvou stanovených barev (např. zelenou nebo bílou).